La trama: Sora, Paperino e Pippo sono rimasti intrappolati dai membri dell'organizzazione XIII in delle celle per circa un anno. Iniziato il gioco, prenderemo il controllo di Roxas un ragazzo misterioso che pare abbia qualcosa a che fare con Sora...comunque, questo Roxas vive in una città molto simile alla città di mezzo chiamata  Crepuscopoli insieme ai suoi tre migliori amici:Hainer, Pance e Olette sta trascorrendo i suoi ultimi giorni di vacanze estive ma gia da tempo stanno ricorrendo in lui dei sogni di eventi passati riguardanti un giovane ragazzo per lui ancora sconosciuto (Sora) così si mette alla ricerca di costui nella speranza che tutti i suoi dubbi vengano svelati...